Результаты данного исследования показывают филогенетическую неоднородность среди трех существующих штаммов Z. ramigera и филогенетическое единство между Z. ramigera IAM 12136T и другими штаммами зооглей, содержащими родохиноны.

Основанный на последовательности филогенетический анализ рибосомной ДНК 16s показывает, что типичный штамм Z. ramigera и штамм вида ATCC 19324 образуют общий род внутри подкласса «p» протеобактерий, а R. pulpureus является их ближайшим «родственником». Становится очевидным, что название рода Zoogloea должно использоваться для ограниченного числа штаммов, принадлежащих данной филогенетической группе. На филогенетическом дереве Z. ramigera IAM 12670 располагается на другой ветви внутри подкласса «p» вместе с A. eutrophus и P. cepacia, причем последняя бактерия была перенесена в новый род, Burkholderia, как Burkholderia cepacia. Данный факт предполагает удаление штамма Z. ramigera IAM 12670 из рода Zoogloea и повторное его классифицирование, возможно, как новый род с видами, родственными двум вышеупомянутым таксонам. Поскольку любой штамм, подобный IAM 12670 с названием Z. ramigera был и остается наиболее широко используемым для экспериментальных исследований в различных областях, необходимо составить номенклатурное описание этого нового таксона, чтобы прекратить дальнейшую таксономическую путаницу. Сильное разветвление Z. ramigera IAM 12669 на дереве указывает на то, что данный организм филогенетически отдален от типичных штаммов Zoogloea и принадлежит к общему роду внутри подкласса «а» протеобактерий. Рекомендуется провести повторную классификацию штамма IAM 12669 как уже известного или нового вида агробактерий либо родственных таксонов.

Представители семьи Pseudomonadaceae оказались настолько разнородными, что больше не могут считаться одной семьей. Исследования рибосомной РНК-ДНК гибридизации показывают, что у родов Xanthomonas и Frateuria, являющихся представителями данной семьи, есть дальнее филогенетическое родство с Pseudomonas sensu strict0 внутри подкласса «y» протеобактерий. Становится очевидным, что отнесение рода Zoogloea к семье Pseudomonadaceae является неверным с филогенетической точки зрения.

Кроме того, исследования гибридизации геномной ДНК показали, что между типичным штаммом Z. ramigera и всеми испытуемыми штаммами зооглей, которым еще не даны специальные названия, существует тесное генетическое родство. Данные штаммы являются гомологичными на 72%. В свете генетической концепции вида, стандартизированной на основе уровней гибридизации ДНК, можно сделать вывод, что все данные штаммы зооглей должны рассматриваться как отдельный вид, и в то же время род Zoogloea является монотипичным родом, который включает только один вид Z. ramigera.

До настоящего времени род Zoogloea был описан только на основании фенотипичной информации в рамках морфологии, физиологии и биохимии, которая включает активную подвижность, образование хлопьев, производство поли-Р-гидроксибутирата, нитратное дыхание, продуцирование уреазы, гидролиз желатина, а также разложение бензоата путем мета-расщепления кольцевой структуры. Однако некоторые из данных характерных признаков кажутся слишком недостоверными или нечетко выраженными, чтобы быть использованными при определении рода. В параллельно проводимых фенотипичных исследованиях было обнаружено, что активная подвижность, производство поли-Р-гидроксибутирата, гидролиз желатина и продуцирование уреазы у разных штаммов различно или зависит от условий культивирования. Было бы предпочтительнее убрать эти свойства из описания рода Zoogloea. Кроме того, оказалось, что разновидности зооглей, которые не образуют хлопьев, могут встречаться в субкультуре. Предыдущее исследование предоставило более ценную информацию об этом роде с хемотаксономической точки зрения. В частности производство родохинона может использоваться как отличительный признак в таксономических целях, поскольку наличие данного структурного типа хинона встречается в довольно ограниченном количестве у представителей хемотрофных бактерий. Далее в настоящем докладе дана филогенетическая и генотипическая информация, а также указаны пересмотренные данные о составе оснований ДНК. Таким образом, происходит уточнение описания рода Zoogloea на основании собранной и пересмотренной информации, а также некоторых фенотипичных данных, уже известных ранее.

Авторы: Йонг Кук Шин, Акира Хираиши, Джанта Сагияма